Museet ligger i Santa Ana-fabrikskomplekset: produktionen af keramik på dette sted begyndte for 500 år siden og stoppede først i slutningen af det 20. århundrede. Arkitekterne, der udførte ikke kun rekonstruktionen af bygningen til udstillingsbehovene, men også design af udstillingen, betragter deres projekt som endnu et "trin i udviklingen" af denne fremstilling.
8 driftsovne, en brønd, møller til fremstilling af maling, værksteder og lagerrum har overlevet fra driftsfabrikken. I løbet af arkæologiske fund var det muligt at finde resterne af yderligere 8 ovne, hvoraf den ældste ikke længere blev brugt i slutningen af det 16. århundrede.
Arkitekterne ønskede ikke at "erklære" noget med deres projekt, men forsøgte kun at passe ind i den historiske kontekst: for eksempel manifesterer deres arbejde sig ikke på nogen måde på bygningens facader.
Gennem århundreder af aktivt arbejde er fabrikken gentagne gange genopbygget, renoveret og udvidet, og i dag er dens kompleks en kaotisk mosaik af fragmenter fra forskellige tider. Ved hjælp af de nyeste arkæologiske metoder var det muligt at bevare ikke kun denne lidelse, men endda sod og aske fra de sidste århundreder.
Bygningens første niveau er organiseret omkring ovne, hvilket gør rummet labyrintisk; det beskriver den traditionelle proces til fremstilling af keramik. Showrooms på anden sal er placeret rundt om terrassen. Facaderne på denne del af bygningen er afskærmet fra solen med lokalt producerede keramiske rør: Dette er både en henvisning til museets tema og en måde at visuelt fremhæve det nyeste lag i den arkitektoniske "palimpsest".
