Projektet startede tilbage i 2001: I 1999 blev kontrol over Panamakanalen overført fra De Forenede Stater til de panamanske myndigheder, og på samme tid rejste spørgsmålet sig om den nye anvendelse af de tilstødende områder. En af sektionerne - tidligere besat af den amerikanske flybase - blev afsat til et museum. Byggeriet startede i 2006, men det var først i begyndelsen af oktober, at Biomuseo åbnede for offentligheden - dog ikke endnu fuldt ud: flere haller og et akvarium vil ikke være klar før vinteren 2016.
Med sit farverige aluminiumstak skal museet minder om Panamas pulserende natur, metaltagene på lokale hytter og kanalinfrastrukturens historiske strukturer. Bygningen ligger på en smal halvø, der stikker ud i bugten, og er synlig langt væk, og i sig selv kan den tilbyde sine besøgende panoramaudsigt over byen og Stillehavets "munding" af Panamakanalen.
Varigheden af opførelsen af museet, med tilnavnet af lokalbefolkningen "museet, der aldrig vil blive afsluttet", forklares blandt andet ved de lokale kvalifikationer hos lokale bygherrer. Den grove beton på gulve og vægge måtte hældes mange gange, og taget med 6 mm tolerancer gav også mange vanskeligheder.
Men nu er museet ikke kun med succes bygget, men næsten fuldstændigt fyldt med udstillingen "The Bridge of Life", som blev designet af Bruce Mau. Smithsonian-institutionen i Washington var ansvarlig for den videnskabelige side af projektet, og Biomuseo blev dets eneste partnermuseum uden for USA.
Museet er dedikeret til den fantastiske naturlige mangfoldighed i Panamas landskaber: med et areal på 75.000 km2 er det hjem for flere fuglearter, pattedyr, krybdyr og planter end i USA og Canada tilsammen. Derudover fortæller udstillingen detaljeret om isthmus-dannelsen, som begyndte for 12 millioner år siden og sluttede for 3 millioner år siden. Dens udseende ændrede økosystemer og klima i planetarisk målestok: i stedet for et enkelt hav opstod der et meget andet Atlanterhav og Stillehav, Golfstrømmen "startede" fra det nye Caribiske Hav, og Nord- og Sydamerika forenede for første gang i 70 millioner flere år. En aktiv migration af dyr begyndte langs landtangen, og relativt nylig, for 15.000 år siden, passerede de første mennesker denne rute fra nord til syd.
Biomuseo, der kostede $ 95 millioner (ikke medregnet omkostningerne ved endnu ikke færdige udstillingshaller), er primært designet til skolebørn (det er planlagt at bringe 40.000 studerende årligt der til gratis udflugter) og for turister, da krydstogtskibsterminalen er meget tæt på. Ideelt set forventer myndighederne "Bilbao-effekten" fra museet. Ifølge deres plan skulle det blive det samme symbol på Panama-byen og Panama-landet, som Utsons operahus blev for Sydney og Australien.
