Bygningen er placeret ved foden af klippen, hvor Akropolis ligger. På grund af stedets ejendomme er det orienteret langs den øst-vest akse, men Parthenon Gallery er i besiddelse af hele sin øvre, tredje sal skarpt i forhold til bygningens hovedvolumen og vender mod nord. Dette gjorde det ikke kun muligt delvis at løse problemet med overophedning i varme klimaer, men også visuelt forbundet hallen med skulpturerne, der engang prydede facaderne til det store tempel med selve Parthenon, der ligger mindre end 300 meter fra museet. Den dynamiske effekt af denne løsning fylder bygningen med energi; her kan man se en bestemt symbolsk betydning: det ser ud til at vende sig mod Akropolis, til fortiden, hvilket svarer til det politiske budskab fra den græske regering i den nye bygning: lad os vende uret tilbage og bringe monumentet tilbage til dets oprindelige tilstand (eller i det mindste samle alle dens dele, der nu er gemt i London, Paris, Palermo, Rom).
En sådan retorik kunne have haft indflydelse på det arkitektoniske projekt: selv efter Chumis version sejr i konkurrencen i 2001 var der mange tilhængere af det neoklassiske design af museumsbygningen i Grækenland. Imidlertid giver det meget diskrete volumen af glas, beton og marmor et meget mere diskret kulisse for en samling skulpturer fra den arkaiske periode til romertiden end en slags "historiserende" struktur.
På grund af det faktum, at resterne af et bykvarter fra oldtiden blev fundet under bygningen, blev det besluttet at hæve det over jorden på 100 betonstøtter med "hængsler", som skulle afbøde vibrationer i tilfælde af et muligt jordskælv; ved første øjekast er de arrangeret tilfældigt, men i virkeligheden - for ikke at skade de arkæologiske fund. Fundamentet for gamle huse kan ses gennem åbningerne og de glaserede områder i gulvet i museets stueetage, hvor forhallen og hallerne til midlertidige udstillinger er placeret. Derfra går den besøgende op til anden sal, hvor alle udstillingerne udstilles, bortset fra Parthenon-skulpturerne, og der er også en åben terrasse med en café. Tredje sal med "Parthenon Gallery" er et rektangulært glaseret rum, i midten af hvilket der er et konkret volumen, der gentager størrelsen på templets cella. Den berømte frise med den panatheniske procession er genskabt på den fra originale dele og kaster.
Den seriøse atmosfære af "kunstens tempel" på museet vil fortsætte på trods af det forventede enorme antal besøgende: Støjene absorberes af de mange cirkulære huller, der er lavet i betonvæggene. Ud over fraværet af indretning er antallet af skilte og etiketter reduceret til det krævede minimum: intet bør distrahere fra udstillingerne. En velgennemtænkt rute vil lette inspektionen af samlingen: fra de arkæologiske udgravninger under bygningen til den arkaiske skulptur på anden sal, derefter til Parthenon Gallery på tredje og derefter ned til værkerne fra den hellenistiske og Romerske perioder.
