I 1966 blev Utzon suspenderet fra sit projekt på grund af økonomiske uenigheder, han havde med de australske myndigheder. Arkitekterne, der fortsatte opførelsen af teatret, flyttede operahallen inde i bygningen og tilføjede også flere flere auditorier, som oprindeligt ikke var planlagte, til projektet.
Som et resultat har operahusets store hal middelmådige akustiske kvaliteter på grund af dets utilstrækkelige størrelse, nogle musikere fra hans orkester skal sidde i en dybde på 12 m i forhold til scenen, og ballerinaer, der forlader scenen, skal forsikres at de ikke rammer betonvæggene: for at de er i stand til at stoppe sig selv, simpelthen ikke.
Utzon foreslår nu at sænke salens gulvniveau med 4 meter ved at bruge pladsen til de administrative og tekniske lokaler under den og til gengæld skære nye rum ud i den stenede sandstenbase, som teatret står på. Dette vil forbedre lyden af musikken, og der vil være mere ledig plads bag scenen.
Jorn Utzon selv vil ikke være i stand til at komme fra Danmark til Sydney: som 88-årig bliver det for svært for ham. Hvis myndighederne godkender projektet, vil hans søn Ian føre tilsyn med gennemførelsen af projektet.
