Den moderne bygning af museet, bygget i 1885 af arkitekten PJ Kuypers i stil med pseudo-gotisk og pseudo-renæssance, er gennem årene ikke kun blevet for trang for de udvidede kunstsamlinger, men mistede også sin engang klare struktur: gårde blev bygget op i 1950-60'erne med udstillingshaller, nye bygninger blev tilføjet.
I henhold til projektet "New Rijksmuseum" forsvinder den uordnede labyrint af lokaler: fra den nye lobby kan besøgende komme ind i de ryddede gårde, hvorfra de kan stifte bekendtskab med placeringen af museumskomplekset samt gå ind i nye underjordiske gallerier.
En ny fløj af sten og glas vises mellem de gamle bygninger, hvor samlinger af asiatisk kunst udstilles. En anden helt ny facilitet vil være baghaveuddannelsescentret, som også vil rumme et museumsbibliotek. Begge bygninger er designet i form af bind af tre forbundne "afsatser", hvilket giver dem en næsten skulpturel karakter sammenlignet med den oprindelige bygning fra det 19. århundrede.
