Naturalis Biodiversity Center er arvingen til Natural History Museum, grundlagt efter ordre fra kong Willem I af Holland i 1820. Siden da har det gennemgået flere transformationer, hvoraf den vigtigste skete i begyndelsen af 2010'erne: Zoologisk Museum for universitetet i Amsterdam og National Herbarium, et af de største i verden. Som et resultat er der opstået et uddannelses- og forskningscenter, hvis samling (42 millioner genstande) er en af de fem største naturvidenskabelige samlinger på planeten.
Samtidig voksede populariteten af "Naturalis" blandt offentligheden kun med 400.000 mennesker der om året, så bygningen, der åbnede i 1998, måtte straks udvides og genopbygges. Arkitekterne fra Neutelings Riedijk har placeret et rummeligt atrium i centrum, der forbinder de eksisterende opbevarings- og administrative lokaler med det nye museum og moderne laboratorier til mere end 200 forskere. Institutionens samlede areal er 38.000 m2, hvoraf 18.000 m2 er genopbygning, og 20.000 nybyggeri.
Atriumets facade er en konkret ornamental sammensætning af ovaler og trekanter, der minder om strukturen af molekyler. Det samme mønster er placeret på gulvene. Indvendigt er den klædt i rød travertin, ispeddet 263 betonpaneler designet af modedesigner Iris van Herpen. Den hvide beton har fået glatheden af silke til at fremkalde de futuristiske van Herpen-kjoler, og mønstrene er inspireret af genstande fra Naturalis-samlingen. Den samme stribede struktur er på bygningens facader.
Sammen med de skinnende krystaller af travertin skaber de hvide paneler indtryk af kontrasterende stenlag. Ligheden forstærkes af den sti-lignende tilspidsede sti gennem atriet - fra udstillingshallen og laboratorier i stueetagen til gallerierne på øverste etage.
Atriet er også dekoreret med værker af designer Tord Boontje. Normalt beskæftiger han sig med møbler, lamper og mønstrede stoffer, og for Naturalis har han lavet næsten hundrede vægpaneler "om naturens vidundere", der kombinerer grafiske og fotomotiver.
