Østrigske arkitekter vandt en konkurrence om dette projekt tilbage i 2001, og dets implementering var ikke let: byggeprocessen blev afbrudt i to år, og den første fase omfattede udelukkende opførelsen af en pælefundament (den samlede længde af de drevne pæle var 536 m). De var nødvendige, da museet blev rejst på en svag kystjord - ved sammenløbet mellem Rhône og Sona. Sammenløb oversættes til "fletning"; det er også navnet på hele området ved siden af "pilen" (point de confluence, "point of confluence").
Museet er en vigtig bygning i byskala: dets fremtrædende beliggenhed gør det til et "fyrtårn" og et symbol på hele det nye Confluence-distrikt - en tidligere industriområde-halvø nær centrum af Lyon, som nu bygges op med kulturelle institutioner, kontor- og boligbygninger designet af fremtrædende arkitekter.
Coop Himmelb (l) au-bygningen ligger på travle fodgængerruter, så for ikke at skabe en hindring for borgernes bevægelse hæves bygningen over jorden, og under den er der en "plaza" med et spisested.
Confluence Museum består af tre dele. "Soklen", hvor ovennævnte "plads" er placeret, rummer to auditorier (til henholdsvis 327 og 122 pladser), lokaler til elever fra nærliggende skoler, lagerrum og workshops, mødelokaler. Glaseret krystal er en lobby med en spiralformet rampe, trapper og elevatorer og en boghandel. Det tredje og vigtigste bind er et rustfrit stål "Cloud" med en understøttende struktur såsom en bro. Der er 9 haller (4 for permanente og 5 for midlertidige udstillinger) og "offentlige" workshops; det øverste niveau huser administrationskontorerne, og på taget ligger en café og solpaneler. "Flyvende" udkragningsarme på bygningen er inspireret af vandstrømme, der smelter side om side.
Projektbudgettet var på 185 millioner euro (3980 euro pr. Kvadratmeter).
