Museekomplekset er et rekonstrueret kraftværk fra det tidlige 20. århundrede, en murstensstruktur med neoklassisk stuk dekoration, hvori de krystallinske former, der er karakteristiske for Libeskind, er indlejret. Udefra læser de som kubiske og langstrakte blå rustfri stålvolumener, der stikker ud fra bygningens gulve. De er i form af to bogstaver i det hebraiske alfabet - "hat" og "iod", som tilsammen danner mottoet for Libeskinds projekt L'Chaim, som betyder "til liv." De kan dog kun læses, hvis man ser på bygningen ovenfra, som er utilgængelig for den gennemsnitlige besøgende på museet.
I museets lobby er væggen overfor indgangen foret med fremhævede nødhjælpslinjer, der danner ordet "pardes", hvilket betyder "Edens have" og også symboliserer de fire niveauer af forståelse af Torahen. Men dette element i projektet opfattes også med vanskeligheder på grund af de skarpe bøjninger i lobbyrummet.
På hovedkvarteret - det første niveau af komplekset - er der også et auditorium (på loftet, hvor et kort over det hellige land er abstrakt afbildet), et uddannelsescenter og gallerier. På anden sal er der administrative lokaler samt en udstillingshal med samme navn indskrevet i en kæmpe terning af bogstavet "jod", belyst gennem 36 polygonale vinduer.
Libeskind selv understreger forskellen mellem bygningen i San Francisco og hans jødiske museer i den gamle verden: den californiske bygning har ikke stempel på Holocaust-katastrofen, som nødvendigvis er til stede i hans europæiske projekter. Ikke desto mindre er sproget i Libeskinds arkitektur forblevet det samme: de skarpe, brudte linjer, der tidligere symboliserede historisk tragedie, skulle nu repræsentere "himmelens kabiner" i en blomstrende jødisk diaspora på Stillehavskysten.
