Øen, eller rettere klippen af Mont Saint-Michel, 90 m høj, med en omkreds på 900 m, var en del af fastlandet for tusinder af år siden. I det 5. århundrede e. Kr. e. jordniveauet slog sig ned, og efter 100 år blev det til en del af landet omgivet af vand på alle sider. Yderligere 200 år senere, i 708, blev der grundlagt et kapel der, og i 966 - benediktinerklosteret af ærkeenglen Michael.
Det bemærkelsesværdige arkitektoniske ensemble, der har udviklet sig siden da, har været uløseligt forbundet med det unikke naturlige miljø. Det mirakuløse og menneskeskabte supplerede hinanden. Men siden det 19. århundrede dannede bundbundene, der blev deponeret af havet, en omfattende strandet i Mont Saint-Michel-bugten, og nu er den berømte klippe i stedet for 4 km adskilt fra fastlandet med kun få titalls meter. Et par år til, og klosteret ville være omgivet af enge, fuldstændigt "knyttet" til kontinentet.
Blandt årsagerne til et så hurtigt forløb af almindelige geologiske processer er opførelsen af en dæmning i det 19. århundrede, der forbandt øen med landet, og samtidig forhindrede lavvandet i at føre siltet tilbage til havet og sand bragt til kysten ved tidevandet.
På samme tid dukkede poldere ud for Normandies kyst - grunde genvundet fra havet, brugt som landbrugsjord. De bragte også Mont Saint Michel tættere på tørt land. Opførelsen af kanaler, der fører ud af Couenon-floden, som bare løber ud i bugten, bidrog også til dræningen af sundet mellem den og Normandiet. Styrken af dens strøm faldt mærkbart, og med det evnen til at bære bundbundsedimenter fra kysten ud i det åbne hav. Den sidste faktor var opførelsen af en parkeringsplads for turister med et areal på ca. 20 hektar ved foden af en klippe på et drænet område af havbunden.
Den nuværende situation har længe bekymret forskere og lokale beboere. Næsten umiddelbart efter opførelsen af dæmningen med en vej, der løb oven på den i 1879, blev de første protester hørt, og virkelige projekter begyndte at dukke op i de første årtier i det 20. århundrede. Men først nu, efter ti års aktiv forskning og testning, er store byggearbejder begyndt at bringe Mont Saint-Michel tilbage til øens status og bevare det som et integreret natur- og arkitektonisk ensemble.
Det nye projekt, der startede i midten af juni i nærværelse af premierminister Dominique de Villepin og fire medlemmer af hans kabinet, koster 164 millioner euro og gennemføres i etaper over 6 år. Det kunne have været realiseret om 3 år, men så ville Mont Saint Michel have været lukket for turister på det tidspunkt, og dette er uønsket for lokale myndigheder.
Den første fase vil være opførelsen af en dæmning på Couenon-floden, som vil øge styrken af dens strøm, og den vil vaske sedimenterne fra bunden af Mont Saint-Michel-bugten og derved øge dens dybde.
Derefter nedrives den eksisterende dæmning fra motorvejen mellem øen og fastlandet og erstattes med en ny struktur, hvis hoveddel vil være en 1 km lang fodgængerbro. Det vil også betyde, at biler vil blive forbudt på øen, inklusive for 65 lokale beboere, og parkering ved foden af klippen vil blive ødelagt. Broen forhindrer ikke tidevandet, der fører sand tilbage til havet, hvilket holder strædet mellem Mont Saint-Michel og Normandie-kysten så længe som muligt (selvom den naturlige proces med at bunke ud for kysten i princippet ikke kan være holdt op).
